Arrêt maladie d'un agent public pendant ses congés : quelles sont les règles ?Direction de l'information légale et administrativeTravail - FormationL'agent public qui tombe malade pendant ses congés annuels a droit au report des jours de congés annuels non pris.Direction de l'information légale et administrativeService Public / Direction de l'information légale et administrative (Premier ministre)modified 2026-08-13Question-réponsetext/xmlF11016https://www.legifrance.gouv.fr/codes/section_lc/LEGITEXT000044416551/LEGISCTA000044423571/, https://www.legifrance.gouv.fr/loda/id/LEGITEXT000006064656/, https://www.legifrance.gouv.fr/loda/id/LEGITEXT000006064760/, https://www.legifrance.gouv.fr/loda/id/JORFTEXT000000398297/, https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTEXT000051774123, https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTEXT000051773922, https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTEXT000051773474FrisPartOf N512France entièrehttps://www.service-public.gouv.fr/a-propos/mentions-legalesQuestion-réponseParticulierswww.service-public.frAccueil particuliersTravail - FormationMaladie ou accident du travail dans la fonction publiqueArrêt maladie d'un agent public pendant ses congés : quelles sont les règles ?Travail - FormationSanté, sécurité et conditions de travailMaladie ou accident du travail dans la fonction publiqueCongés pour raison de santé du fonctionnaireCongé de maladieCongé de longue maladie (CLM)Congé de longue durée (CLD)Accident de service ou maladie professionnelleCongé pour raison de santé du contractuelCongé de maladieCongé de grave maladieCongé pour accident du travail ou maladie professionnelleReclassement pour inaptitude physiqueComplémentaire santé et prévoyanceComplémentaire santé et prévoyance dans la fonction publique d'ÉtatComplémentaire santé et prévoyance dans la fonction publique territorialeComplémentaire santé et prévoyance dans la fonction publique hospitalièreUn agent public qui tombe malade pendant une période de congé annuel est placé en congé de maladie. En cas d’arrêt de travail prolongé, les congés annuels non pris en raison du congé pour raison de santé peuvent être reportés. Nous vous présentons les conditions de ce report.Si vous êtes malade pendant une période de congés annuels, vous êtes placé en congé de maladie sur présentation d’un arrêt de travail établi par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme.Le congé de maladie annule le congé annuel.Les jours de congé annuel annulés peuvent être pris à une date ultérieure.Les congés annuels doivent être pris entre le 1er janvier et le 31 décembre. Toutefois, lorsque vous ne pouvez pas prendre tout ou partie de vos congés annuels en raison de congés pour raison de santé, vous avez droit au report automatique de vos congés annuels restant dus sur une période de 15 mois.La période de 15 mois peut être prolongée sur autorisation exceptionnelle de votre chef de serviceLes congés pour raison de santé ouvrant droit au report sont les suivants :Congés de maladie, de longue maladie (CLM) ou de longue durée (CLD), congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis), disponibilité d’office pour raison de santé si vous êtes fonctionnaireCongés de maladie ou de grave maladie, congé pour accident du travail ou maladie professionnelle, congé de maladie non rémunéré si vous êtes contractuel.RappelVous n’acquérez pas de congé annuel pendant une disponibilité d’office pour raison de santé ou un congé de maladie non rémunéré.Dans le mois qui suit la date de reprise de vos fonctions, votre administration employeur vous informe, par tout moyen permettant de dater cette information de manière certaine, du nombre de jours de congé annuel reportés et de la date jusqu'à laquelle vous pouvez les prendre.Les congés annuels qui peuvent être reportés sont les congés acquis avant la mise en congé pour raison de santé et les congés acquis pendant le congé pour raison de santé ou le congé lié aux responsabilités parentales ou familiales.La période de report de 15 mois débute à la date à laquelle vous recevez l’information sur le nombre de jours reportés et la date limite pour les prendre.La période de report de 15 mois des jours de congé annuel acquis pendant un congé pour raison de santé débute au plus tard à la fin de l'année pour laquelle le congé annuel est dû si, à cette date, vous bénéficiez de ce congé depuis au moins 1 an. Dans ce cas, lors de votre reprise de fonctions, la période de report de 15 mois, si elle est pas terminée, est suspendue jusqu'à ce que vous ayez reçu l’information sur le nombre de jours reportés et la date limite pour les prendre.Le nombre de jours de congés annuels qui peuvent être reportés est limité à 4 semaines.Si vous ne prenez pas les congés reportés dans la période impartie, ils sont perdus et ne donnent lieu à aucune indemnité compensatrice, sauf en cas de départ définitif de la fonction publique.Si vous êtes absent sur plusieurs années consécutives, les congés non pris à la fin de chaque période de report de 15 mois sont perdus.Lorsque vous quittez la fonction publique, quel qu’en soit le motif (retraite, démission, fin de contrat,...) et n'avez pas pu prendre tous vos congés annuels avant votre départ, ces congés donnent lieu à une indemnité compensatrice.La durée des congés annuels non pris qui donnent lieu à indemnité est de 4 semaines maximum.Votre administration employeur vous informe du nombre de jours de congé annuel non utilisés ou reportés donnant lieu à indemnisation.L’indemnisation d’un jour de congé annuel non pris est calculée de la manière suivante : (Rémunération mensuelle brute x 12) / 250.Le nombre 250 est le nombre moyen de jours ouvrés dans une année.L'indemnité compensatrice de congés annuels est soumise aux mêmes cotisations que votre rémunération.La rémunération mensuelle brute prise en compte pour le calcul de l'indemnité compensatrice de congé annuel est égal à la dernière rémunération versée lors de votre dernier mois complet d'exercice effectif de vos fonctions.Cette rémunération tient compte éventuellement des évolutions de votre situation statutaire ou indemnitaire qui sont intervenues entre la dernière date d'exercice effectif de vos fonctions et la date de fin de relation de travail.Elle comprend le traitement indiciaire, l'indemnité de résidence, le supplément familial de traitement (SFT) et les primes et indemnités.Toutefois, les éléments de rémunération suivants ne sont pas pris en compte :Versements exceptionnels ou occasionnels, notamment liés à l'appréciation individuelle ou collective de la manière de servirRemboursement de fraisParticipations au financement des garanties de la protection sociale complémentaireVersements exceptionnels ou occasionnels liés aux indemnités relatives aux primo-affectations, aux mobilités et aux réorganisations et toutes autres indemnités de même natureMajorations et indexations liées à une affectation outre-mer, lorsque leur versement est interrompu avant la fin de la relation de travailIndemnité de résidence à l'étranger lorsque son versement est interrompu avant la fin de la relation de travailIndemnités versées en contrepartie d'une activité accessoire et autres indemnités non directement liées à l'emploiVersements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnités correspondant à un fait générateur uniqueIndemnités liées à l'organisation du travail et au dépassement effectif du cycle de travail.Code général de la fonction publique : articles L621-1 à L621-3Congés annuelsDécret n°84-972 du 26 octobre 1984 relatif aux congés annuels dans la FPEDécret n°85-1250 du 26 novembre 1985 relatif aux congés annuels dans la FPTDécret n°2002-8 du 4 janvier 2002 relatif aux congés annuels dans la FPHArrêté du 21 juin 2025 relatif aux modalités d'assiette et de calcul de l'indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique de l'EtatArrêté du 21 juin 2025 relatif aux modalités d'assiette et de calcul de l'indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique territorialeArrêté du 21 juin 2025 relatif aux modalités d'assiette et de calcul de l'indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique hospitalièreJour ouvréJour effectivement travaillé dans une entreprise ou une administration. On en compte 5 par semaine.