La tomate est originaire des Andes d'Amérique du Sud, où l'on trouve encore aujourd'hui des formes sauvages. On croit que l'ancêtre de l'espèce cultivée pourrait être la tomate cerise, Lycopersicon esculentum var. cerasiforme. Introduite en Amérique centrale et au Mexique à une époque préhistorique (il y a plus de 2 000 ans) par le vent, les cours d'eau, les oiseaux ou les Indiens migrant vers le nord, elle a trouvé là un terrain fertile à son établissement. Tandis qu'elle ne semble pas avoir été consommée par les autochtones de son aire d'origine, elle a au contraire été adoptée dans l'alimentation des Mexicains qui, par sélection, ont obtenu de nombreuses variétés. En effet, lors de la conquête, les Espagnols découvrirent au marché de la ville de Tenochtitlan, la capitale aztèque, plusieurs types de tomates de couleurs, saveurs et formes diverses.
Comme toutes les plantes d'origine américaine découvertes à cette époque, la tomate fut d'abord introduite en Espagne au XVIe siècle. Les Espagnols et les Italiens seront les premiers à l'adopter comme aliment, mais il faudra attendre tout de même deux siècles avant de la voir figurer dans un livre de cuisine. C'est que l'odeur peu engageante de ses feuilles et de ses tiges, de même que sa ressemblance avec les plantes toxiques de la famille des solanacées (jusquiame, datura, mandragore, etc.) inspire la méfiance. On la cultivera donc d'abord comme objet de curiosité, dans les jardins botaniques ou privés.
Par contre, au XVIIIe siècle, on la cultive de façon intensive en Italie et, à un moindre degré, dans les autres pays d'Europe. Les Italiens effectueront un travail considérable de sélection dans le but d'obtenir des fruits plus gros, plus lisses et à la peau plus épaisse, et mettront au point une technique efficace pour les sécher au soleil. On dit que leur intérêt pour ce fruit viendrait de ce que, possédant de nombreuses variétés de pâtes, mais peu de sauces pour les relever, ils trouvèrent enfin là matière à d'infinies variations. La quintessence de la cuisine italienne pouvait enfin s'exprimer dans tout son éclat, les pâtes ayant trouvé leur parfait répondant. Beaucoup plus tard, lorsque, par vagues successives, ils quitteront leur pays pour l'Amérique, ils amèneront avec eux leurs traditions culinaires qu'ils feront connaître aux Nord-Américains, tout aussi méfiants envers la tomate que l'étaient leurs ancêtres anglais, qui recommandaient de la faire bouillir trois heures pour en éliminer les principes toxiques. Même si Thomas Jefferson, fervent jardinier et cuisinier en même temps qu'homme politique, la cultivait et en faisait des conserves, l'Américain moyen continuera de croire, jusqu'au tournant du XXe siècle, qu'elle est vénéneuse. Feront exception à cette règle les Louisianais qui, sous l'influence des Français, l'intégreront à leur cuisine vers 1810-1820. La même chose s'est produite en Chine où on ne l'adoptera qu'au XXe siècle, bien qu'elle y ait été introduite trois siècles auparavant.
La tomate est la dernière venue sur la liste des aliments d'importance commerciale mondiale. Victime de son succès, elle a perdu, au cours de la deuxième moitié du XXe siècle, les qualités organoleptiques qui la caractérisaient auparavant, afin de satisfaire aux exigences de la production industrielle. Toutefois, depuis une dizaine d'années, des jardiniers collectionneurs et des gourmets s'attachent à retrouver et à reproduire les variétés anciennes et à offrir ces semences, plants ou fruits à un public d'amateurs.